党的十八届三中全会报告中，明确提出深化改革的总目标是：完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力的现代化。王奋宇说，针对人类活动提出“治理”一词，这在新中国成立后的文献中是第一次，即国家治理体系，“过去我们的文件中只会说治理淮河，治理污染等。”
具体到科技治理则需要建立一套体系，达到一个目标：各种类型的行动者，产业界、科技界、公众的内部意见要有序、有效得到反映；同时不同类型的行动者之间，意见有面对面的沟通、表达、讨论、博弈、谈判、妥协，最后达成共识，从而避免社会冲突和风险，实现公共利益最大化。
“科技传播在科技治理当中既是手段，也是目的。在传播过程中，既要传播科学知识，也要传播治理的知识，让公众知晓治理的方式，要传播治理的活动，治理的过程，比如决策过程，执行过程都要进行传播。治理和决策所形成的结论、共识也要传播，这都应该是治理中的重要内容。”王奋宇说。
他举了一个国外科技治理的典型案例：1998年，由法国议会科技选择评估局组织的“法国转基因技术公民评议会”。组织者首先用类似民意调查的程序选出14名公民代表，他们代表对转基因技术持不同观点的各方公众。紧接着对这14位公民代表进行两轮相关知识的培训，之后请他们与3名社会科学专家与4名转基因科学家组成的小组对话，形成一些基本结论。最后把形成的共识通过专刊、电影、视频、网站、对话会等形式传播出去……
这样的科技治理过程在我国能否实现，王奋宇认为，从目前情况来看我国科技治理面临四大挑战：公众参与意愿与参与能力不相适应；组织化程度低；科学传播内容有偏、效能不高；治理传统薄弱。
我国公众对科技治理的参与意愿有多高，王奋宇以2007年《三城市公众食品安全意识调查》结果为例进行说明。在题为“如果所在城市新建工厂可能污染饮用水源，你会……？”的回答中38.4%的人表示会向环保组织反映；另有38.4%的人表示会向媒体反映，还有25.9%的人表示会独自向政府部门反映。
显然，公众参与意识强烈,但在王奋宇看来，“公众参与的基础非常薄弱”。2010年中国科协组织的《中国公民科学素质状况调查》显示，我国公民科学素质仅相当于发达国家上世纪80年代末90年代初水平。2013年一项公众对转基因食品知晓和了解程度的调查显示,66.2%的人听说过转基因食品，但表示知道得比较多和非常多的加起来只有17%。“对知识的知晓程度很低，这就使他的参与能力不可能很高。”
此外，王奋宇在研究中发现，我国公众对科技界组织运行的情况也了解甚少，2007年《我国科技工作者的社会公众形象调查》显示，26.4%的人知道科技活动周，12.4%的人知道《国家中长期科学技术发展规划》。
我国公众组织化程度低，参与科技事务的社会组织渠道匮乏也是现实存在的问题。王奋宇提供的数据显示，我国NGO组织发育滞后，2010年为45万个，其中科技类NGO占7%。公众参加社会组织活动比例很低，科技类更低仅为3.5%，与有科学素养的比例相符。这也增加了参与科技治理的难度。
王奋宇认为，我国科学传播一直基于缺陷模型（deficIT model）的理念，即假设公众不了解科学知识，对其进行知识的传播。科普或科学传播由政府主导，媒体的科学传播质量堪忧……这都不利于公众参与科技治理。我国治理传统的薄弱也给科技治理的实现带来挑战。
“科技事务由管理走向治理乃大势所趋，科技传播应当为此做好充分的准备，发挥良好的支撑作用。”王奋宇说。
他认为目前科技治理面临三重任务。第一，科技治理的制度体系设计，光有理念是远远不够的，还要在确定治理原则和目标的前提下，设计治理的制度，程序、法律、法规等，掌握治理的技术手段。“比如我们现在可能绝大多数的政府官员从来没有过‘利益相关方焦点组座谈会’的经验和技术，如何使不同观点的人坐在一起，大家通过面对面的沟通交流，形成妥协和共识，这需要一套技术。”
第二个任务，要向公众“赋能”。他认为在这方面科技传播责任重大，首先要提高通过传播来提高科学素养，其次要向公众传播治理的知识和技艺。
第三个任务，是科技传播模式自身的转型和治理问题。比如新媒体信息化过程中，如何实现科技界和公众的有效对话，如何引入非政府的市场和社会力量来开展科技传播活动。
