但自贸区的商检制度的基本框架由我国现行《商检法》、《进出口商品检验法实施条例》等法律法规所构建，当前自贸区商检制度存在如下弊端：
第一，《进出口商品检验法实施条例》所规定的法检目录过于宽泛，且目录结构严重不合理，增加了企业成本，并阻碍了进出口贸易的便利化。我国2013版列入进出口法检目录的商品共有8913种，占全部进出口商品种类的一半左右，占进出口贸易批次和金额的60%左右。这种情况严重偏离了2002年修订后的《商检法》的立法宗旨——进出口商检的工作重心是为了维护社会公共利益，而转变成为一般商品质量检验。
第二，《进出口商品检验法实施条例》所规定的检验内容过于宽泛，妨碍贸易便利化。在进出口商检实施过程中，法检的工作重心放在了一般质量检验上，法检目录中不涉及“公共利益”的占一半以上，有近60%的法检内容都属于商品常规性能（质量、数量、重量、规格、型号、包装等）检验。美国、德国等一些国家的自贸区是不对商品的一般质量进行检验的，因为这属于企业事务，完全可由市场和企业自己解决。中国商检机构出具的商检合格证书，实际功用只不过是张通关单。“出口商品有购买方验货，进口商品有国内企业验收，商检部门显然是越俎代庖。”外经贸专家马宇认为，目前的商检制度必须改革。
第三，出口商品商检数量过大，妨碍出口。2013版法检目录中出口商品有4491种，占50.4%，比进口法检还多69种。实际工作中出口法检所占的比例更高。有专家认为，主动对自己出口的商品设置贸易壁垒，全世界罕见。比如有自贸区企业反映，向南美、非洲、东南亚、中东等一些不发达和欠发达国家或地区出口商品时，出口产品虽符合国外使用标准要求，但质量不一定能达到我国检验检疫部门标准，报关时拿不到放行单。这种情况影响贸易便利化和阻碍地方经济发展。并且，在国内质量监督管理基础上，再另行设立一套出口产品质量监管体系，从法理和常理上也说不通。从操作层面看，大规模出口法检也不可能做到。上海自贸区产品出口210多个国家和地区，若以对方标准进行出口法检，理论上则需搜集约95万个标准，还要进行动态更新。建立如此庞大的数据库，并且还要有后续更庞大的检验人员、机构、技术和设备等，以自贸区商检机构的行政资源是难以做到的。
笔者认为，上海自贸区的政府商检职能首先要简政放权，然后按照质检总局《意见》中提出的“建立对第三方检验鉴定机构的采信制度和管理制度”，应扶持相关中介组织，并逐步将这一职能转移给社会中介组织。
首先，要大幅度减少进出口商品的数量，降低收费标准，减轻企业负担，促进贸易便利化。
自贸区质检部门要严格遵守《商检法》规定的进出口检验的依据，将主要精力放在维护公共利益和国家安全上，而不是对一般商品的质量检验；也要遵守《行政许可法》的相关精神，企业自己能解决的、市场和行业组织能解决的、政府事后惩罚能解决的事项，不能设立行政许可。目前可将服装、鞋类、家具、家电、布匹等一般商品从法检目录中去掉。对需要检验的商品可减半征收相关费用，降低企业成本。条件成熟时，可逐步取消出口商品检验。
其次，对需要检验的商品，要简化检验的内容、标准、评定程序、通关等环节。比如对商品的常规性能，如数量、性能、型号、包装、规格、颜色、外观等不做检验，由进出口双方自行协商解决。重点检查商品对公共利益产生危害的易燃、易爆、有毒、有害、腐蚀性等特性。此外，还要缩短合格证发放时间，推进与海关“三个一”合作，提高口岸工作效率。
第三，从长计议，将政府商检职能转移给社会中介组织。从国际上通行的规则来看，进出口商品检验以及原产地签发工作是由商会、贸易促进会等中介组织来完成，比如澳大利亚、韩国、英国等很多国家和地区（包括我国的香港特别行政区）的政府都是授权商会组织承担，政府建立对第三方检验鉴定机构检测结果的采信机制；政府还通过法律法规加强对社会中介组织的监管与约束，规范其行为。这些好的做法值得上海自贸区借鉴。
