孙宝国认为，尽管近几年食品安全事件时有发生，中国食品安全现状是稳中向好，但食品安全形势依然是非常严峻的。他认为，近年来大量出现的食品安全事件需要进行专业、科学、准确的区分，其中属于真正意义上的食品安全事件是少数，大部分都是以次充好等“假冒”的食品安全问题，或是消费者、媒体和所谓“专家”的误读和误导。
他认为，当前“真正的”食品安全事件正处于高发期，并且还将持续一段时间，而当前食品安全界中，“假冒”的食品安全问题太多。在中国的食品安全文化中，公众对食品造假这类“假冒”的食品安全问题议论较多，而对“真正的”食品安全问题却仍缺乏关注。实际上，源头上的食品安全这类真正的问题所造成的严重性绝不亚于食品加工阶段所产生的安全问题，却没有成为当前舆论关注的焦点。
他同时指出，当前的食品安全信息的发布存在问题，由于传播渠道的多样性，几乎任何人都可以发布食品安全信息，而部分媒体在发布相应信息时则缺乏科学性、准确性。当前有许多“无中生有”的食品安全事件，却得到了广泛的传播。“不科学地传播食品安全信息所造成的恐慌远大于食品安全问题本身带来的后果，这一问题尤其值得警醒。”
此外，食品添加剂也成为食品问题的焦点。孙宝国说：“这些年舆论在食品添加剂问题上浪费了太多时间用来争议，贻误了战机。实际上，合理合法地使用食品添加剂不会对人体造成危害，只要把监管和使用标准制定好就可以了。”
