2013年7月，中国青年报独家报道了陈英旭涉嫌贪污科研经费被审判的情况(详见2013年7月29日《亿元课题经费被控贪污千万》)。然而，此案经2013年3月19日一审开庭后，却迟迟未见判决结果下来，浙江凯麦律师事务所律师戴梦华认为，这说明了此案的复杂性。
陈英旭案件是科研经费“跑冒滴漏”问题的典型案例。2013年10月，科技部部长万钢在新闻发布会上谈及科研项目经费管理出现恶性问题时，提及“一位知名的环境领域专家和一个重要省份的科技厅长涉嫌违法违纪，正在接受审查”。这名被科技部部长视为典型的“知名环境领域专家”，正是指陈英旭。
生于1962年的陈英旭，是在50岁这一年遭遇人生剧变的。
此前，他是成功的大学教授，既担任着浙大水环境研究院院长，又是政协第十一届全国委员会委员。他拿到的重大课题，科研经费高达数亿元。
然而，2012年6月28日，距他50岁生日不到两个月，他却因涉嫌贪污罪被杭州市西湖区人民检察院刑事拘留。
杭州中院在判决书中认定，被告人陈英旭身为国有事业单位中从事公务的人员，利用国家科技重大专项“苕溪课题”总负责人的职务便利，采用编制虚假预算、虚假发票冲账，编制虚假账目等手段，将国拨科研经费900余万元冲账套取，为己所控，其行为已构成贪污罪。
苕溪在浙江省北部，是浙江八大水系之一，是太湖的源流之一。“苕溪课题”隶属于迄今为止我国资金投入总量最大的环境科研项目“水体污染控制与治理科技重大专项”(以下简称“水专项”)。作为国内水污染领域专家的陈英旭，拿下的“苕溪课题”是水专项“十一五”课题中的“太湖富营养化控制与治理技术及示范工程”。
“苕溪课题”总经费高达3.135亿元，其中国家拨付经费1.0544亿元。
该项目针对苕溪突出的农业面源污染问题，开展河流农业面源污染控制与管理技术及集成示范研究，设置了现代效益农业清洁生产关键技术及集成示范等研究任务，拟在苕溪上中下游和苕溪入湖河段,开展畜禽水产养殖业循环经济关键技术与区域污染控制示范、苕溪上游健康水生态系统构建等技术集成及工程示范,为完成我国太湖流域水环境综合治理，实施“清水入湖工程”提供科学支撑。
检察机关指控，2008年8月至2011年12月，陈英旭用自己课题总负责人的身份，将关联公司列为课题外协单位，再通过授意关联公司开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。
两家关联公司是杭州高博环保科技有限公司(以下简称“高博公司”)、杭州波易环保工程有限公司(以下简称“波易公司”)，两公司的实际控制人系陈英旭的博士生杨尚源、王云龙。
苕溪课题共分10个子课题，其中高博公司参与了第3子课题，高博公司、波易公司参与第4子课题，波易公司参与第10子课题。而检察院最终认定出问题的，是第4子课题与第10子课题。
杭州中院认定，陈英旭贪污第4子课题778.1897万元，第10子课题167.3077万元，总计贪污科研经费945.4974万元。检察机关指控1022.6646万元之所以未被全部认定，是因为其中有几十万元，因发票缺位或不能显示内容，被视为证据不足，未予认定。
在一审中，戴梦华律师坚持认为，陈英旭案的具体情况够不上贪污，因为高博公司及波易公司参与该项目是经过国家水专项领导小组同意的，陈英旭并未隐瞒两家公司的任何信息。此外，戴梦华还认为高博公司、波易公司参与的课题是通过与浙江大学、浙江工业大学签订合同的方式进行的，是属于法人之间签订的合同，法人单位是项目(课题)实施的责任主体，陈英旭不应该是主体。
戴梦华律师还认为，即使合议庭最终认定被告人陈英旭贪污犯罪成立，但陈英旭主动要求两家公司终止相应合同、退还款项的行为，应认定为犯罪中止。
但杭州中院认为，被告人陈英旭及其辩护人要求宣告无罪的辩解和辩护意见，与法律事实不符，法院不予支持。陈英旭指使他人将在高博公司和波易公司账户上的科研经费采用虚列支出等方式冲账套现，属贪污既遂，故陈英旭辩护人所提陈英旭属于犯罪中止的辩护意见没有法律依据，法院不予采纳。
戴梦华律师认为，陈英旭有自首情节，其在审计署介入、审计结论做出前，主动要求两家公司将款项退还给浙江大学，未对国家财产造成任何损害，应当免除处罚。
但杭州中院认为，2012年6月27日在有关部门已经掌握陈英旭套取国拨专项科研经费的情况下，将其叫至浙江大学进行组织谈话，丧失投案条件，依法不构成自首，但鉴于陈英旭在立案前全部退交赃款，未给国家造成实际损失，酌情可以从轻处罚。
戴梦华认为，最后的判决结果，体现了一种折中：贪污900多万元，本应处刑15年以上，但最后判下来是10年，说明法院确实酌情作了考虑。
据他透露，判决宣布后，陈英旭表现得比较失望，情绪比较低落，但是否会上诉还未确定，“我估计即使是上诉，效果可能也不会好”。
戴梦华律师还认为，此案也体现了当前我国科研管理中的漏洞和弊病。
首先是经费到位的问题，苕溪课题从2005年开始做申请准备工作，2008年8月通过专家论证，经国家水专项领导小组批准启动后实施，实施期限为2008年8月至2010年12月。然而，国拨经费直至2009年4月才到位，地方财政的配套资金却迟迟无法落实。课题实施时间短，经费拨付又存在滞后性。因此，很多研究工作很难在实施期限内完成或达到良好的效果。
其次，苕溪课题从申报到正式运行，一直缺少相应的规范文件来制约管理。有关经费管理最为重要的《民口科技重大专项资金管理暂行办法》是2009年9月出台的，有关垫付和归垫的规定《关于加强和规范民口科技重大专项资金垫付与归垫管理有关事项的通知》是2010年11月出台的，有关验收的文件《水体污染控制与治理科技重大专项验收暂行管理细则》是在2011年7月出台的征求意见稿。
“凡此种种与水专项相关的管理规约都是在苕溪课题实施过程中出台，对于苕溪课题任务组来说，对水专项课题实施和经费的管理，都是一个摸索的过程。”戴梦华说，“另外，国家至今未对科研项目立法，散见的都是相关部门的管理规定，各个规定之间也存在矛盾和冲突，亦存在漏洞和不明确的地方，这些问题让科研工作者感到茫然不知所措，出现相关经费使用问题也是事出有因。”
