10月18日，浙江省台州市环保局和台州市椒江区政府联合下发了一则《关于印发台州主城区告别化工恶臭“倒计时行动”实施方案的通知》，要求海正药业、新东港药业等7家企业完成整治提升，并限定最迟在今年12月30日前完成。11月13日，台州市环保局和椒江区政府再次下发《关于对海正药业等七家企业保留项目全面实施停产整治的函》，要求7家企业保留项目在11月15日之前实施全面停产整治，完成整治并通过验收后方可恢复生产。
作为原料药大户，这已经不是海正药业第一次遭遇“环保门”事件。2012年初，环保部公告海正药业被查出“外排废水COD超标排放，电缆沟积存高浓度污水；抗生素菌渣等危险废物擅自出售给无资质的企业；与环保部门联网的在线监测数据弄虚作假”等问题。海正药业当年也提出了相应的整改措施，但今年环保问题再次出现。
与2012年初环保部核查项目不同的是，台州市环保局此次发现海正药业岩头厂区的问题不涉及原料药菌渣等危险废物，而主要集中在“现有废水处理设施改造，清理池内污泥；厂区雨水管路的清理、疏通工程；新建一套蓄热式热力焚烧工艺(RTO)处理装置，集中处理储罐区、抗肿瘤药区域、108车间有机废气；厂区高压板框中心密闭化改造工程；厂区各车间拆除现有空间引风排气筒”。
“台州是药企集中地区，以前都是第三梯队的药企因排污被查，没想到今年连海正这样的大企业都不过关。”一位业内人士对《经济参考报》记者表示，由于排污成本(行政处罚)远远小于治污成本(上马设备、引进技术等)，药企很容易两害相权取其轻而“宁可直排被罚几百万，也不投入几千万甚至上亿元搞环保”。
北大纵横高级医药合伙人史立臣表示，海正药业停产整治排污问题，一方面影响了生产，另一方面需要投入大量的资金，这对海正药业造成双重影响，会影响到海正药业2013年的经营业绩，同时也会对其估值产生影响。三季报数据显示，今年前三季度，海正药业实现营业收入63.81亿元，同比增长了45.09%，实现净利润2.15亿元，同比下滑了13.36%。
海正药业11月20日给《经济参考报》记者回函时表示，本次需整治范围所涉及的产品占海正药业2012年度主营业务收入的4%，同时公司已提前调整生产计划并准备相关产品库存，因此不会对公司生产经营造成影响。公司一直在加紧通过设备改造、技术升级等一系列的举措，争取提前完成整治任务并上报验收。
对于“环保经费投入多少”等问题，海正药业只字未提，只称“公司通过产品结构调整、设备改造、技术升级和节能减排等一系列的举措，从源头抓起，共同实现经济与环境保护的双赢”。
