在笔者看来，科技经费投入是科技创新的保障，但如果不能同时重视科研体制改革，则科技经费投入很可能加剧科研行政化，不利于提高科研创新能力。
总体而言，我国学术资源的配置，行政部门一直处于主导地位——由行政部门(或者有很强行政色彩的机构)设立课题(项目)，接受学者的申请，这是目前学术资源配置的主要模式。在这一模式中，学术管理完全变为行政管理，学术评价被行政评价全面替代，于是出现课题申报、成果评定的“跑要”、公关现象。不论是学术机构，还是研究者，都“重立项、轻研究”，花很多时间搞课题，课题到手就意味着资源到手、荣誉到手，却不重视具体的研究，所谓的研究成果，有不少是包装、炮制出来的。
在这种情况下，投入的增多，很有可能意味着科研行政化加剧。政府部门手中掌握着大笔经费，各机构、学者要获得经费，就必须唯行政部门马首是瞻。如此一来，学术研究的权力寻租空间增大，而权力和利益相互纠缠，必然败坏学术风气。
近年来，学术腐败、学术不端事件高发。广州市副市长王东就曾针对广州市科技和信息化局系统腐败案及广东省科技厅厅长李兴华被查等事件回应称，在这一领域出了这么多事情，肯定与制度有关系;全国科研经费大概只有40%是真正用于科技研发的，其余的60%都用于开会、出差等。照此推算，则全国万亿元的科研经费中，有6000亿元会用于开会、出差，并未真正用到科研上。这样的科研投入体系，不是投入越多，挥霍越大吗?
笔者不是反对增加科研投入，而是希望每一笔科研投入都能用到学术研究的刀刃上。这就需要改革我国的科研管理体制，推进科研去行政化。
具体而言，必须建立学术共同体，实行基于学术本位的管理和评价。在科研发展规划中，变政府主导创新为企业、市场推动创新;在科研立项时，应让科研基金具有独立性，不受行政支配，把项目给有能力进行研究的学者，而不是看申请者的名头、身份;取消学术课题提成，实行年薪制，堵住科研经费黑洞，遏制把申请课题变为致富之路;加强科研经费管理，公开经费信息;对学术研究的成果实行学术评价，重视成果的原创价值，不以论文、专利的多少论英雄，而关注真实的学术价值 ——据媒体报道，我国每年取得的科研成果，有超90%束之高阁，每年诞生的专利，真能转化的不到10%。
总之，提高科研创新能力，必须增加科研投入与改革科研体制两手抓。事实上，增加科研投入，正是启动科研体制改革的契机，如果忽视科研体制改革，科研投入极有可能会成为“唐僧肉”，那将不是科技、学术界之幸。
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