豆芽类的有机农林规格的主要修改内容如下：

1.作为豆芽类生产所使用种子进行了规定：1）必须符合有机农产品生产所使用种子；2）不得使用转基因品种；3）对种子的处理只允许使用次氯酸水（只限使用盐水电分解物）。   

2.在豆芽类的栽培中只允许使用水和天然培养基，培养基必须是没经过化学处理的天然物质，而且禁止使用通过转基因技术生产品。还规定栽培过程中禁止使用肥料、农药及其他材料。 

3.栽培过程中不得使用人工照明。    

4.对豆芽类进行严格管理，以防止被农药、洗涤剂、消毒剂或被其他物品污染。 

5.防止不符合上述规定的豆芽类的混入。