20世纪80年代，有机农产品认证主要由私人机构完成，这些机构自己制定标准，自己进行检查和认证。90年代初，从标准制定开始,政府开始参与到这项工作中来。目前国际上特别是发达国家已经完成了有机农业发展政策、技术标准、管理体系、市场营销、科学研究等体系的建设，其中欧盟、日本和美国都完成了有机农业标准的制定，管理体系上形成了以政府农业主管部门牵头、认可机构、海关等其他部门配合的组织形式。
现在，联合国食品法典在有机部分中制定了全球国家政府层面上的有机标准;欧盟和美国等的标准通过且得到了实施。目前，全世界已经有60多个国家有自己的有机体系或者正在制定完善中。欧盟和美国等全球有机消费的主要市场首先完成了这项任务，印度、中国和巴西等紧跟其后。虽然不同国家有机农业标准差别很大，但基本上都规定有机检查和认证工作由政府来进行认可。在全过程中的控制和监督应保证检查员和认证人员能够被评估和认可。为了制定全球最基本的认可导则，ISO系列导则目前已经被引入到有机行业中来。
联合国食品法典委员会，作为联合国粮农组织和世界卫生组织跨平台的机构，从1991年开始进行标准的制定。委员会中的食品标识委员会(CCFL)，密切关注“国际有机农业运动联盟”(IFOAM)和欧盟等组织的工作，1999年6月，完成了有机生产植物部分的有机生产、有机农产品认证标识和贸易导则，2001年7月完成了动物部分。该导则综合了欧盟和IFOAM的标准，明确定义了有机生产的原则以及预防错误标识的措施。根据导则的定义，有机农业不仅仅是最少施用外来物品和禁止使用化学合成品，更重要的是按照系统和综合的思路进行有机生产。导则中，严格禁止使用转基因材料，但对食品添加剂使用的种类等目前还存在争执。该导则的重要性在于，在世界贸易组织的框架下，提供了一个评估不同国家有机标准一致性的依据。该导则将4年评估和修订一次，以考虑有机农业不断发展的需要。从2001年初开始，对有机生产中投入品的使用进行评估。
