韩国对水产品进口管理的主要职能部门是海洋水产部（MOMAF），该部门负责制定海洋事务及渔业的政策和计划，其下属的国家鱼类产品检查所负责检查本地出产及进口的鱼类产品。
韩国规定，进口水产品时必须向海洋水产部（MOMAF）申请检验检疫；为确保水产品的安全和质量，海洋水产部（MOMAF）必须对处于生产阶段的水产品及生产水产品的水面、渔场、器材等进行重金属、贝类毒素、食物中毒菌、抗生素残留和有害物质含量的检查；对包装阶段水产品、出库后流通前水产品根据《食品卫生法》等相关法律进行残留基准检查，简称之为“安全性检查”；海洋水产部（MOMAF）可根据申请者的要求随时对水产品进行质量、规格、成份、残留物等的检定；此外，该法还要求根据《对外贸易法》规定对水产品进行原产地标识（进口活鱼除外）。
1. 对进口水产制品的卫生安全检疫要求
土霉素：0.1 mg/kg以下（冰鲜、冷冻养殖鱼和龙虾产品）；
恶唆酸：不得检出（冰鲜、冷冻养殖鱼产品）；
麻痹性贝毒（PSP）80 μg /kg以下（软体双壳贝类及其产品）；
二氧化硫：0.03 μg /kg以下（干鱼片）；
一氧化碳(CO)：20 μg/kg以下（冻罗非鱼鱼块及其产品）；200 μg/kg以下（冻金枪鱼鱼块及其产品）；l0 μg/kg以下（冻罗非鱼真空包装产品）；
细菌总数：100 000/g（无须蒸煮即可食用的冻鱼及软体贝类）；3000 000/g（冻鳍鱼内脏）；
大肠菌群：10/g；
金葡菌、沙门氏菌、副溶血性弧菌：阴性（无须蒸煮即可食用的冻鱼及软体贝类）；
霍乱弧菌：阴性（冰鲜、冷冻产品）；
金属异物：未检出（冰鲜、冷冻产品）；
虎红(焦油色素)：阴性（鱼子酱及其替代物、马哈鱼和缚鱼、鱼片、蜡类、海胆和阿拉斯加鳍鱼籽）。
该协定中未列出、根据韩国法律又必须执行的标准还有，MOMAF制定的《水产品检定项目》和《食品公典》规定的重金属、激素、药残、有害物质残留允许基准等。《食品公典》的规定如下：
（1）重金属残留基准（《食品公典》P46）
海产鱼、贝类(包括软体类)、淡水鱼类：汞0.5 mg/kg以下(深海鱼类及金枪鱼除外)；铅2.0 mg/kg以下。
贝类：镐2.0 mg/kg以下。
（2）异物：食品中要求不能检出异物（《食品公典》P47）。
（3）农药残留、抗生素残留基准（《食品公典》P53）
鱼类及龙虾：土霉素（oxytetraeyeli）0.1 mg/kg以下
鳗鱼：恶喹酸（oxolinicacid）暂定标准为不许检出。
（4）有害物质残留（《食品公典》P490）
河豚毒素：肉质部分10 mu/g以下；表皮部分10 mu/g以下。
（5）畜产品中不得检出氯霉素（Chloramphenicol）。
2. 对进口水产品的检验检疫措施
韩国对水产品的管理措施大都基于卫生标准和检验检疫规定。目前与我国关系较大的水产品管理措施主要有：执行先检验后通关、对冷冻水产品进行金属异物检测、原产地标识、事前确认登记制度等。
韩国检验进口水产品的机构是海洋水产部属下的国立水产物品质检查院，总部设有一般事务部、质量检验部和分析部，在釜山等地有12个支院，主要职责包括：水产品检验检疫；与国外订立并执行水产品质量和安全控制要求；出口水产品加工厂的注册和管理；HACCP的培训和监督；水产品原产地标签的培训和监督；投放国内市场水产品的质量认证和安全检查。
（1）采取先检验后通关制度
检验分感官检验和理化微生物检验两项。感官检验包括：形状、颜色、新鲜度、规格、外来物、光洁度和温度等；理化微生物检验包括：重金属、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、李斯特杆菌、抗生素、贝类毒素等。
对进口水产品，据韩国国立水产物品质检查院有关人员介绍，进口水产品到达韩国后，先放人水产品冷藏保税库，进口商先要到检查院报检，抽样进行检验和实验室理化检测，检验合格的产品海关才准许放行，准许销售；不合格的货物将被销毁或退回。水产品的法定检验时间为5天，但韩国一般在1至3天就可检验完毕，根据产品的食用方式检验不同的项目。
（2）金属异物检测
根据《中韩关于进出口水产品卫生管理协议》规定，我国输韩冷冻水产品通关时需接受韩方的金属探测检查，规定不允许检出金属异物。
（3）原产地标识
除活鱼外，其他水产品均需实行原产地标识制。
