日本对水产品的理化检测主要依据如下几个检测方法：
日本食品中农药、饲料添加剂和兽药的残留分析方法（Analytical Methods for Residual Compositional Substances of Agricultural Chemicals, Feed Additives, and Veterinary Drugs in Food）
日本食品和食品添加剂等的技术规范和标准（Specifications and Standards for Foods and Food Additives, etc）
日本食品、器具、容器、包装、玩具、清洁剂的规范、标准和测试方法（Specifications, Standards and Testing Methods for Foodstuffs, Implements,Containers and Packaging, Toys,Detergents）
食品中添加剂分析方法 （Method of Analyzing Food Additives in Foods） Multiresidue Method for Synthetic Antibacterials in Livestock and Aquatic Animal Products (Revised) Test Method for Shellfish PoISOn2、日本水产品中农药残留限量标准
日本“肯定列表制度”对水产品中各类农药的限量标准进行了规定。“肯定列表制度”所规定的限量标准，每5年修订一次，其中包括暂定标准、不得检出物质、豁免物质、一律标准。水产品中农药的限量标准，具体可根据下表中的各类水产品的英文名称链接进行查看。
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食品类型
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食品中文名称
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食品英文名称、
对应农药残留限量标准（MLRs）查询
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鱼类
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鲑行目（如大马哈鱼和鳟）
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Salmoniformes (such as salmon and trout)
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鳗鲡目（如鳗鲡）
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Anguilliformes (such as eel)
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鲈行目（如鲣、竹荚鱼、鲭、黑鲈、海鲷、金枪鱼）
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Perciformes (such as bonito, horse mackerel, mackerel, sea bass, sea bream and tuna)
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其他鱼
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Other fish
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鱼类加工品
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盐渍鲑鱼籽(鲑鱼卵产品)
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IKURA (Salmonid roe products)
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盐渍鲑鱼籽块(鲑鱼卵产品)
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SUJIKO (Salmonid roe products)
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壳类
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有壳软体动物
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ShelLED molluscs
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甲壳纲
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Crustaceans
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其他水生动物
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Other aquatic animals
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3、日本水产品中其他污染物的限量标准
在日本2007年发布的《食品卫生法的食品和食品添加剂技术规范和法规》（Specifications and Standards for Foods, Food Additives, etc. Under the Food Sanitation Law (Abstracts) 2006）中，对食品中一些污染物的限量标准进行了明确规定，其中包括水产品。具体规定如下：
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污染物名称
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水产品种类
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最大限量标准
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多氯联苯（PCB）
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海洋和公海中的可食用鱼和贝类产品
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0.5 ppm
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内海和海湾中的可食用鱼和贝类产品，包括内陆水中的鱼和贝类产品
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3.0 ppm
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汞
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鱼和贝类产品
不包括金枪鱼、旗鱼、鲣鱼、内陆水域河流中的鱼和贝类产品（不包括湖和沼泽地）、深海鱼和贝类产品
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总汞
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0.4 ppm
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甲基汞
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0.3 ppm
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贝毒素
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所有贝类产品的可食用部分
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麻痹性贝毒素
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4 MU/g
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腹泻性贝毒素
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0.05 MU/g
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4、日本部分水产品的成分标准
日本在《农产品和水产品进口技术法规手册（2007）》中，列出了依据《食品卫生法》规定的部分水产品成分标准，具体如下：
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水产品种类
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成分标准
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鱼糕
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大肠杆菌——阴性（不包括鱼糕）（在1g×3的B.G.L.B培养基中.）；
硝酸钾——小于等于0.050 g/kg（不包括鱼肠和鱼火腿）
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鲑鱼卵，盐渍鲑鱼卵、鳕鱼卵
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硝酸钾——小于等于0.050 g/kg
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冷冻熟章鱼
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细菌总数——小于等于100，000个/g（标准平板法）；
大肠菌群——阴性（在0.01 g×2 desokishicorrat培养基中）
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生吃的牡蛎
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细菌总数——小于等于50，000个/g（标准平板法）；
大肠杆菌（E.Coli）——小于等于230个/100g（EC培养基）
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生吃的冷冻海产品
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细菌总数——小于等于100，000个/g（标准平板法）；
大肠菌群——阴性（在0.001 g×2 desokishicorrat培养基中）
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