日本在2004年4月15日制定了日本食品安全应急响应基本纲要（简称“基本纲要”），并根据该纲要制定了日本食品安全紧急应对基本方针（简称“基本方针”）。基本纲要的主要构成有：紧急事件的范围、紧急事件的基本应对方针、紧急事件应对时的信息沟通机制以及紧急事件的对策。
1. 紧急事件的范围
基本纲要根据《食品安全基本法》第21条规定的基本事项，作为应急预案，制定在发生紧急事件时国际的应对方式。紧急事件的范围分三种类型：
发生由于科学知识不充分的原因而引起的损害或有可能产生危险的事件
不符合以上两项规定，但是根据社会的反响，需要考虑紧急应对的事件
2. 紧急事件的基本应对方针
紧急应对的基本方针是：本着保护国民的健康为最重要的这种认识，食品安全委员会和危机管理机构相互保持十分密切的联系，平时收集、整理和分析食品事故等受害信息，在紧急应对的时候，政府全体保持一致，迅速和合理地进行纲要所规定的紧急应对，以此努力防止或控制对国民健康的不良影响。
3. 紧急事件应对时的信息沟通机制
紧急时的信息沟通有赖于建立和完善信息沟通机制。食品安全管理委员会和危机管理机构，为了确保在紧急重大事件发生时整个政府保持一致行动和迅速启动，在平时设立各自的信息联络窗口，完善相互紧密地进行信息交换和联系的机制。信息联络窗口为：内阁府食品安全委员会事务局信息与紧急应对处；厚生劳动省医药食品局食品安全部企划信息处；农林水产省消费安全局总务处食品安全危机管理官；以及环境省环境管理局水环境部企划处。
紧急事件发生时，食品安全委员会和危机管理机构要立即对紧急事件进行确认，并即时通过信息联络窗口进行相互通报；食品安全委员会和危机管理机构发现紧急事件时，或收到关于紧急事件等的第一通报时，要各自根据所制定的紧急应对预案（食品安全委员会紧急应对基本指南、厚生劳动省健康危机管理基本指南以及农林水产省食品安全紧急应对基本指南），迅速合理地建立信息联系和紧急应对需要的组织机构，并做出应对决策；食品安全委员会委员长认为必要的时候，要迅速向食品安全主管大臣报告。
关于信息的采集，食品安全委员会和危机管理机构，在发生紧急事件时，从地方政府、有关试验研究机构、有关国际机构、有关国家的公共机构、有关团体直接或通过媒体或因特网，迅速和广泛地收集国内外的信息。关于收集到的信息，通过整理和分析，在食品安全委员会和危机管理机构之间必须共有。食品安全委员会和危机管理机构把收集到国内外的信息必须通过媒体、政府报纸、因特网等迅速和策略地提供给国民。
4. 紧急事件的对策
在发生紧急事件的情况下，日本农林水产省将与厚生劳动省合作，停止向消费者供应有问题的食品，并且在农林水产品的生产及流通的各个阶段做出停止供应及回收的指示，并进行相关的指导等，采取措施消除可能产生有安全问题食品的原因。
关于紧急事件的应对措施，日本农林水产省分别在本省内部设立农林水产品安全紧急对策本部，在地方农政局设立地方农政局食品安全紧急对策本部。
