当发现进口食品频繁违反食品卫生法时，厚生劳动省针对这些违反卫生法概率较高的食品发布命令检查。在进行命令检查时，进口程序将被中止。并且命令检查的费用由进口商支付。

命令检查的检查内容以及对象是通过行政命令进行规定，以命令形式指定有关检查机关进行检查。对于由政令指定的蔬菜、水果及其加工品，牛肉、猪肉、鸡肉及其内脏，鱼肉制品，豆类等数十种食品（含器具），政府命令进口商应当自费负担，带着样品到指定检查机关实施自主检查的规定或制度。但是，实际上，命令检查的实施对象食品，往往是每年由厚生省在政令指定的数十种食品之中选择部分特定的出口国（甚至出口商）出口的特定商品。对确定为命令检查的产品进行逐批检验，被通知需要实施命令检查的产品，在检查结果出来前不得进行后续的进口手续。检查不合格的商品将采取退货，废弃或转作非食用。

命令检查每年都要制订年度实施计划，决定当年所要实施的对象食品，检查项目，检查样本数等。