转基因技术将从各种生物中克隆出来的基因片断插入到靶向受体中时，一般要构建启动子、终止子、选择标记基因、报告基因等。从基因水平进行转基因的检测就是要检测受体的核酸序列、目的片断的整合位点、基因多态性、目的片断的含量分析以及启动子、终止子、选择标记基因、报告基因等。
聚合酶链式反应(polymerasechainreaction)PCR法
PCR(PolymeraseChainReaction)技术即聚合酶链式反应，也称无细胞克隆系统，是1985年诞生以来的一种体外的DNA扩增技术，该技术自问世以来，就以惊人的速度广泛的应用于生命科学的众多领域。目前在食品工程领域中致病性微生物、转基因食品的检测等方面也越来越受关注。PCR技术的基本原理和方法PCR技术是一种利用DNA变性和复性的原理，在体外利用DNA聚合酶活性，在引物的引导和脱氧核糖核苷酸(dNTP)等参与下将模板的DNA进行千万倍的扩增。该技术利用两段寡核苷酸作为反应的引物。以及四种脱氧核苷三磷酸dNTP、DNA聚合酶作为反应物，将提取到的DNA（称为模板DNA）片段精确扩增。该酶促反应最基本的3个环节是：①模板DNA的变牲，即在94度下模板双链DNA变为单链DNA②引物与模板链的特异性复性③由TaqDNA聚合酶催化引导DNA链由5’向3’延伸，从而完成一个变性一复性一延伸的PCR循环。至此完成了PCR反应的第一轮反应，而后反复进行变性、复性和延伸的循环，从而使扩增的DNA产量呈指数上升。
转基因植物中外源基因的非预期效应是转基因植物食品安全性评价的重点内容之一。准确测定并比较转基因植物与相对应的非转基因亲本植物之间的差异，是对转基因植物中外源基因的非预期效应进行安全性评价的基础。虽然利用常规的化学方法可以对转基因植物食品中部分营养物质和部分抗营养因子的含量进行分析测定，但是由于外源基因非预期效应的不可预见性，因此仅仅检测转基因植物中部分化学成分的变化，难以准确反映外源基因所产生的所有非预期效应。况且植物食品的化学成分十分复杂，而目前可以利用的化学分析方法尚不能满足对植物中所有成分进行测定的需要，因此利用普通化学分析技术难以准确测定转基因植物食品中外源基因的非预期效应。
