1. 危害分析可分为两项活动－自由讨论和危害评价。自由讨论时，范围要广泛、全面，要包含所用的原料、产品加工的每一步骤和所用设备、终产品及其储存和分销方式、一直到消费者如何使用产品等等。在此阶段，要尽可能列出所有可能出现的潜在危害。没有发生理由的危害不会在HACCP计划中作进一步考虑。自由讨论后，小组对每一个危害发生的可能性及其严重程度进行评价，以确定出对食品安全非常关键的显著危害(具有风险性和严重性)，并将其纳入HACCP计划。
2. 进行危害分析时应将安全问题与一般质量问题区分开。应考虑的涉及安全问题的危害包括：
2.1生物危害 包括细菌、病毒及其毒素、寄生虫和有害生物因子
2.2化学危害
化学危害可分为四类：天然的化学物质、有意加入的化学品、无意或偶然加入的化学品、生产过程中所产生的有害化学物质。
天然的化学物质：霉菌毒素、组胺等。
有意加入的化学品：食物添加剂、防腐剂、营养素添加剂、色素添加剂
无意或偶然加入的化学药品：农业上的化学药品、禁用物质、有毒物质和化合物、工厂化学物质（润滑剂、清洁化合物等）
2.3物理的危害：任何潜在于食品中不常发现的有害异物。如玻璃、金属等
3 列出危害分析工作单
危害分析工作单可以用来组织和明确危害分析的思路。HACCP工作小组还应考虑对每一危害可采取哪种控制措施。