面粉厂的生产工艺流程包括原料采购、运输、接收、储存、原料筛选、磁选、去石、表面处理、调质、配麦、研磨、筛理、清粉、混粉、配粉、面粉杀虫、营养强化、修饰、面粉散存、计量包装、成品储存、产品发放等。发生的各种危害及场所或原因可能有:
1.1物理危害
    小麦或产品中含有的有害杂质，如铁杂、玻璃及其它有害异物。原料在厂外收获、加工、运输、转运中混人金属、石块及其它异物;原料在厂内由于清理设备失效或操作不当未将混人的杂质去除;小麦在加工工程中再次混人物理性杂质，如投料过程中混人，在清理、研磨、筛理、运输、储存、包装等加工中由于零部件脱落混人或设备在检修中由于操作人员管理不善而将螺钉等杂物混人。
1.2化学危害
    小麦中农药残留超标，如六六六、多氯联苯等;重金属含量超标等;微生物毒素超标如黄曲霉毒素、呕吐毒素;产品中酸价高;增白剂、抗氧化剂含量超标等，面粉受其它化学品污染等。
    农药残留发生于田间的过度使用和不当使用，这些残留药物进人面粉产品中对人有严重影响。这在面粉厂内通常难于处理;某些重金属等的超标主要是在田间受土壤和水环境的污染;小麦中微生物毒素存在的原因也主要是田间污染、不当储存或是原料在加工、运输中受到污染。对于小麦中的化学危害一方面可能来源于原料，另一方面也可能产生于加工过程操作不当，如包装容器受污染等。
1.3生物危害
    小麦或面粉产品受微生物等的污染，如沙门氏菌、大肠杆菌、志贺氏菌、肉毒杆菌、寄生虫、昆虫污染等。小麦中有害微生物存在的原因主要是田间污染、不当储存或是原料在加工、运输中受到污染。有害昆虫的污染可能发生于田间、厂内外的运输、储存中。
    上述这些危害尤其是化学危害和生物危害对消费者的安全健康有重要影响。因此，必须严格控制这些危害的发生。