离子色谱主要用于环境样品的分析，包括地面水、饮用水、雨水、生活污水及工业废水，酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴离子，与微电子工业有关的水和试剂中痕量杂质的分析。另外，在食品、卫生、石油化工及地质等领域也有广泛的应用。目前开展的工作包括不同基体中常规阴离子如F- 、Cl- 、Br-、NO2- 、NO3-、PO43- 、SO42- 等的检测。还可以对环境激素类物质（如乙烯利等）进行检测。