主要修订包括：
1. 一般即食食品的微生物（包括需氧菌落计数、衞生指示微生物及指定食源性致病菌）含量准则；
2. 补充了较大婴儿及幼儿配方奶粉、特殊医疗用途幼儿配方奶粉、即食香料、拟供直接食用的活或生的双壳贝类软体动物的微生物含量准则；
3. 更新天然矿泉水的微生物含量准则。
此外，有关一般即食食物的需氧菌落计数评估的食物分类参考了英国卫生防护局指引及考虑了本地情况。发言人表示，新的分类方法更为科学。修订后的指引已通报世界贸易组织。
2014年8月14日，据香港食环署食品安全中心消息，食物环境卫生署食物安全中心（中心）最新发布的《食品微生物含量指引》正式生效，取代过往采用的《即食食品微生物含量指引》及其指引补充资料。中心发言人表示，新指引的微生物准则更贴近国际标准，有助进一步保障市民健康和消费者权益。
