长期以来，湖南省疾病预防控制中心作为国家食品安全风险监测湖南中心的依托单位，一直开展食品安全风险监测和进行食源性疾病处置工作，现有110多名涉及理化、微生物、食品毒理、食品功能等多学科食品安全检验人员和食品安全事故处置人才队伍；拥有全自动核酸提取仪、全自动微生物鉴定系统等大型及高精尖仪器设备300余台件价值8000余万元。
中心相继通过国家实验室认可、国家级资质认定、食品检验机构资质认定，为全国首批通过“乳品中三聚氰胺检测能力验证”的实验室，也是全国卫生系统首家通过食品检验机构资质认定现场评审的单位。
自2010年起湖南省正式启动食品安全风险监测工作，并开始逐步在全省构建以省、市、县疾控中心为基础的三级食品安全监测体系，目前，湖南省国家级监测点已覆盖到全省14个市州，重点区县监测点增加到21个，食源性疾病主动监测工作哨点也即将增加到60所医院，点、线、面相结合，全面铺开食品安全风险监测大网。
三年来，湖南省疾控中心持续地监测湖南省食源性疾病、食品污染物、食品中有害因素及其变化情况，为政府决策、制定修订食品安全国家标准、确定监管重点以及评价管理措施效果等提供科学依据。
在组织调查、处置全省各类食源性疾病等方面，中心也积累了较为丰富的经验，特别在近几年三聚氰胺、瘦肉精等食品安全事件的监测、检测、分析以及在应对突发食物中毒事件的应急处置等方面取得明显成效。在多起不明原因群体中毒的刑事案件中，成功检测出投毒毒素，如怀化投毒杀人事件成功检测出“特丁硫磷毒素”、长沙学院投毒事件中成功检测出“巴豆毒素”，起到了为公安部门迅速破案，提供了重要依据。
