早在2006年，山东省年度审计报告显示，对高校科研经费使用情况的审计发现，直接用于课题研究的费用开支仅占四成，管理费用、人员经费等开支约占六成。而中国科协之前的调查同样显示：科研资金用于项目本身的仅占40%左右，大量科研经费流失在项目之外。科研经费的发放，也渐渐成为腐败高发区。
科研经费作为“唐僧肉”被人蚕食的现象不仅没有得到遏制，反而愈演愈烈，从学者到课题组再到中间组织和项目主管官员、部门，已经形成了一个利益一体的食物链，彼此都在各自的环节吞食着科研经费。靠山吃山、靠水吃水的规则之下，科研经费在自利与自肥之中消弭于无形。
科研经费腐败不是某一个环节出了问题，“吃经费”已成为一种内生的潜规则，整个学术生态都发生了异化，从立项、审核、审批到经费拨付以及项目的验收和监管等，每个环节都无一幸免。造假也能审批，不论证也可立项，未完成也可通过验收，条件不够也能获得奖金，由此可见，那些实质性的把关程序，已沦为摆设。
制度性问题最终还得靠制度来解决，遏制科研经费腐败关键在于要实施有效的制度设计。一是要有明确而具体的经费使用标准，对人员费用应有严格限制，防止科研经费成为随意使用的“筐”;二是要实行分权，将监督、分配和使用三者进行分离，防止主管部门既当运动员，又当裁判员。同时，要建立起一套学术规范、规划、责任、权力、财务管理制度，实现权责利的统一;三是要强化审计的把关作用，应当对从费用预算到事中事后都进行专题审计，并由审计部门对其结果负责;四是必须对腐败行为进行严厉打击，对于相关主管责任者要进行问责;五是必须建立公开透明的信息发布机制，接受媒体和公众的监督，将科研经费“置于阳光下”。
从国外经验来看，对科研经费有着明确定义和界定标准，实行严格的审批以及科学的论证，再辅以全过程化的审计把关，加上媒体介入和公众监督，以及刚性的问责和查处，就有可能防止和遏制科研经费的腐败。
