无论是氢键作用，偶极-偶极作用，还是“三点规则”理论，都是在手性溶质与溶剂之间产生相互作用。手性化合物的衍生化具有两种含义：一是对于其中的极性基团(羟基、氨基、羧基等)进行一般的酰化、酯化反应；二是通过与光学活性试剂的作用，产生非对映异构体衍生物。

对于氨基，一般采用三氟乙酰或五氟丙酰化反应。对于羟基，多采用三氟乙酰化，有时也用N-异丙基酰胺化。对于羧基，采用酯化或酰胺化(包括丙酯，异丙酯，叔丁酯异丙酰胺和叔丁酰胺等).手性衍生化的处理效果会影响分离因子，关系到分离的成败。Feibush通过手性固定相分离氨基酸衍生物的一系列对比实验，证明随衍生化基团的加大，分离因子也显著增加。Konig发现在XE-60-S-缬氨酸-S-2-苯乙酰胺固定相上，三氟乙酰基化对于碳水化合物对映体，分离效果是很好的，而甲基硅醚衍生物可能由于立体效应，阻碍了相互作用的几率，不能达到分离目的。

分离出经异氰酸酯衍生化的仲胺、仲醇、羟基酸、氨基酸等手性化合物对映体。对映体与光学活性衍生化试剂作用生成的非对映异构体往往可在普通固定相上得到分离。作用生成非对映异构体衍生物，然后进行普通毛细管气相色谱分离，并总结出各类化合物对映体的流出次序：

1)氨基酸：L异构体保留时间长于D异构体。

2)N-甲基氨基酸：对映体流出次序恰好与氨基酸的流出次序相反。

3)胺和氨基醇：S构型异构体的保留时间长于R构型异构体。