广义上的无公害农产品，涵盖了有机食品（又叫生态食品)、绿色食品等无污染的安全营养类食品。但从安全成份和消费对象及运作方式上划分，有机食品、绿色食品和无公害农产品之间又有截然不同的区别。有机食品是世界各国认同，并为国际承认推崇的一种安全消费食品。它特指按照国际有机食品生产要求，由有机农业生产出的原材料，按照有机食品生产加工标准或生产加工技术规范进行加工，经过有机食品颁证组织审查认可颁发了有机食品证书的所有食品。包括粮食、蔬菜、水果、奶类、蜂蜜、饮料、调料、食用油类、畜禽产品、水产品等一切可以食用的农副产品。有机食品的特点是源于纯天然、无污染、富营养、高品位、高质量、有机投入，生产加工中不加入使用任何化学物质（包括农药、化肥等），自然生产，故单位产量不高，总量有限，可供消费的量小，因而市场价格高，社会消费群体小。在我国生产有机食品，主要面向国际市场，出口创汇，运作方式由国际民间行业协会按市场运作。
绿色食品是根据我国生产力水平和依据我国国情而建立的国内产品形象称谓，指遵循可持续发展原则，按照特定的生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品标志的安全、优质、营养类食品。分为AA级认证的绿色食品和A级认证的绿色食品。AA级绿色食品生产中不允许使用任何化学物质（包括农药、化学肥料等），按照有机农业自然生产，产品质量与国际推崇的有机食品相接近，产品绝大多数出口，少量内销。A级绿色食品生产过程中，允许使用一定数量的化学品投入，但控制在不超过标准的一定范围之内，产品适应于国内高薪收入阶层和生活水平高的消费群体，少部分出口创汇。绿色食品的运作方式由市场引导、企业行为方式运作，竞争型产品是绿色食品的特征。无公害农产品是针对国内大众健康消费而建立的产品形象称谓，消费对象是国内大众普通消费群体，旨在生产农产品时，保护良好生态环境，用清洁无污染的安全技术生产农产品，保障大众食用农产品的身体健康。无公害农产品，是产品进入市场必须遵循的最基本的食品安全标准，其标准属强制性认证标准，绿色食品属推荐性认证标准。
无公害农产品质量与A级绿色食品相接近，是绿色食品生产前期的初级产品生产形式，由政府推动、龙头企业运作的强制性市场准人认证行为，不经产地认证和产品认证明确有“身份证”的无公害农产品，不准许进入市场销售。按照WTO的市场准入原则，我国农业部“无公害食品行动计划”从2001年起，先在北京、上海、天津、深圳四个城市实行农产品市场准入制度，没有获得无公害农产品、绿色食品、有机食品认证的农产品，不准许进入市场销售，然后分批、分步骤在全国实施农产品准入制度。
