联邦一级的主要管理机构是农业部下属的食品监督局（CFIA）和卫生部。
省级政府的食品安全机构提供在自己管辖权范围内、产品本地销售的小食品企业的检验。
市政当局则负责向经营食品成品的饭店提供公共健康标准，并对其进行监督。
加拿大食品监督局
1997年加拿大议会通过了《加拿大食品检验署法》，加拿大政府将农产与农产食品部、卫生部、工业部、渔业与海洋部中与食品检验工作相关的部门合并，决定在农业部之下设立一个专门的食品安全监督机构——加拿大食品监督局,统一负责加拿大食品安全、动物健康和植物保护的监督管理工作。
CFIA是加拿大联邦政府最大的食品安全监管机构，其主要目标是加强和落实加拿大食品安全检查系统，以确保食品在生产加工、包装运输及销售的全过程兼能有效保护消费者的安全，其职责范围包括农业投入品监管、产地检查、动植物和食品及其包装检疫、药残监控、加工设施检查和标签检查、HACCP系统的认证，真正实现了“从农场到餐桌”的全程性管理。
CFIA的工作职责有食品安全监督、动物卫生及植物保护三方面内容，食品安全是其主要的工作职责：
（1）对在加拿大政府注册管理的食品生产加工者、销售者和进口者进行监督，以核实其产品是否符合相关标准；
（2）向出口食品颁发证书，以证明所出口食品达到了进口国的相关要求；
（3）到对肉、蛋、奶、鱼、蜂蜜、水果、蔬菜及其加工品等食品进行检验，对动物屠宰和加工企业进行食品安全检验；
（4）促进和推广HACCP基于科学的食品安全管理方法；
（5）处理食品安全突发事件；
（6）规范食品标签，制止各种误导性的市场行为；
（7）对不符合联邦法规要求的产品、设施、操作方法采取相应处罚措施，甚至追究其法律责任等。
CFIA在食品链中的每个环节都有严格的监控：
（1）投入阶段：对饲料、种子、肥料的检验，包括：注册、标签和食品成分核查、取样和实验室分析。
（2）生产加工阶段：对动、植物加工食品、鱼类、海产品的生产监控，包括：检验设施和程序、审查和认可食品加工企业HACCP认证、核查HACCP的执行情况、对违规加工企业进行处理、标签核查等。
（3）分销和运输阶段：对冷藏设施、拖车、货船、集装箱、粮库和饲料厂等设备和实施的卫生状况的检查。
（4）销售阶段：对投诉问题进行调查和召回、向公众通报险情、对零售食品的检验（成分、标签、重量和容量的检查等）、对消费者食品安全相关的宣传。
加拿大卫生部
加拿大卫生部负责制定所有在国内出售的食品的安全及营养质量标准，以及食品安全的相关政策。
