日本是是世界上食品安全保障体系最完善、监管措施最严厉的国家之一，对食品的检验检疫不但严格而且手续繁琐。日本对食品的检验检疫不仅要通过农林水产省管辖的动物检疫所或植物检疫所的检疫, 还要接受厚生劳动省管辖的食品检疫所的检查。

1. 法律依据

日本关于食品检测的法律法规依据有：

《食品卫生法》（Food SanITation Law），该法主要是对进口食品的安全性进行检查，其对象包括所有的进口食品，厚生劳动省所管的食品卫生检疫所为其执行机构。

《植物保护法》（Plant Protection Law），该法适用于对植物的检验检疫，包括蔬菜、水果、谷物、豆类、花卉、种子等，农林水产省所管的植物防疫所为其执行机构。（日本植物保护法（中文版））

《家畜传染病预防法》（The Law for the Prevention of Infectious Disease in Domestic Animals），该法适用于对动物的检验检疫，包括各种活动物和畜产品，农林水产省所管的动物检疫所为其执行机构。

2. 相关职能部门

日本厚生劳动省负责食品卫生检疫，包括进口食品的卫生安全检疫；农林水产省负责动物疾病检疫及有害生物的检疫等。通常意义上所谓的检疫所由厚生劳动省管理，农林水产省管理植物检疫所和动物检疫所。但在实际检疫工作中两个行政主管部门的业务也是并行的，同时检疫内容也相互交叉。

3. 检验检疫内容

农药残留、有毒有害物质、微生物污染、抗菌性物质、重金属污染、二氧化硫、霉菌毒素、使用材料标准、容器包装、防腐烂、防变质、防霉措施，有无卫生证明书，保存标准等。

近年来，日本厚生劳动省经常对扣留原因以及内容进行通报。而且每年定期公布实施命令检查对象产品。日本厚生劳动省每月都在其官方网址定期公布国外进口食品扣留情况，其中的内容包括国名、生产厂家所在地区、名称、产品名称、违反内容、原因、处理办法、检查等级等。出口商应密切关注日本对进口商品的扣留情况，可以根据日本公布的产品扣留情况，调整产品标准。

监控检查

监控检查是针对违反食品安全法概率较低的食品。其最大特征是允许客户先办理通关手续，在少量抽查并确认货物无安全隐患的前提下，允许报检货物办理通关手续进入日本国内市场。如货物进入日本市场后通过抽查发现问题，日本也有相应的措施进行召回。在货物上市后，从允许入境的货物中有计划的抽取一定数量的产品，分送到7个检疫所进行检疫。其间通过监控检查如发现违法货物，将采取措施进行退货或废弃处理。监控检查每年都要制订年度实施计划，决定当年所要实施的对象食品，检查项目，检查样本数等。

抽样检查

如果出口商的产品在监控检查中被查出第一次违规，针对该产品的监控检查的频度会提高到50%，如该产品被第2次查出违规，该产品的检查频率将被调高至100%，即进入命令检查阶段。

命令检查

命令检查是针对违反食品卫生法概率较高的食品。其检查内容以及对象是通过行政命令进行规定，以命令形式指定有关检查机关进行检查。对确定为命令检查的产品进行批批检验。在检查结果出来前，货物被停留在港口不允许办理入关手续。