监控检查（Monitoring Inspection）是针对违反食品卫生法概率较低的食品。其目的是在收集进口日本的各种不同种类的食品的卫生状况信息，以便快速顺利地办理进口手续。

厚生劳动省检疫所在对进口食品进行监控检查时，不妨碍食品的进口通关，仍可继续办理通关手续，进入日本国内市场。如货物进入日本市场后通过抽查发现问题，日本也有相应的措施进行召回。在货物上市后，从允许入境的货物中有计划的抽取一定数量的产品，分送到各个检疫所进行检疫。其间通过监控检查如发现违法货物，将采取措施进行退货或废弃处理。监控检查由于不再采用留置检查方法，只要政府检查部门完成了采样作业，进口商可以不必等到检查结果出来就履行通关手续。因此，某种进口食品可能会在检查结果出来前就已经进入国内市场流通，这样监控检查就成了进口食品进入国内流通之前对其安全性进行最后把关的检查手段。

监控检查每年都要制订年度实施计划，决定当年所要实施的对象食品，检查项目，检查样本数等。

2008年日本实施进口食品监控计划的内容（PDF下载）

如果出口商的产品在监控检查中被查出第一次违规，针对该产品的监控检查的频度会提高到50%，如该产品被第2次查出违规，该产品的检查频率将被调高至100%，即进入命令检查阶段。