食品的危害识别在HACCP体系中是十分关键的环节，它要求在食品原料使用、生产加工和销售、包装、运输等各个环节对可能发生的食品危害进行充分的识别，列出所有潜在的危害，以便采取进一步的行动。食品中的危害一般可分为生物危害、化学危害和物理危害。
    生物危害
    生物危害包括病原性微生物、病毒和寄生虫。
    病原性微生物一般会导致食源性疾病的发生，且发病率较高。在美国平均每年达3万多例，我国每年报告的集体发病事件，多数也属于食源性疾病。病原性微生物对人体健康造成的伤害包括食源性感染和食源性中毒。食源性感染会造成腹泻、呕吐等症状；食源性中毒，即食物中毒，对人体造成的危害更加严重。病原性微生物主要的来源是，在适宜的环境如营养成分、pH值、温度、水活度、气体（氧气）等条件下，微生物会快速繁殖，从而引起食物腐败变质。
    病毒比细菌更小，食品携带上病毒后，可以通过感染人体细胞从而引起疾病。如1998年春天上海暴发的大规模甲肝，造成大约30万人感染上甲型肝炎病毒，导致发烧、腹痛腹泻、肝脏炎症并伴有黄疸等症状。病毒污染食品的途径一般如下：一是动植物原料环境感染了病毒，如上海甲肝病流行就是人们食用的毛蚶生长水域感染了甲肝病毒。二是原料动物携带病毒，如牛患狂犬病或口蹄疫。三是食品加工人员带有病毒，如乙肝患者。
    寄生虫通常寄生在宿主体表或体内，通过食用携带寄生虫的食品而感染人体，可能出现淋巴结肿大、脑膜炎、心肌炎、肝炎、肺炎等症状。比如人们比较熟悉的猪囊虫病，就是人们食用了未煮熟的囊虫病猪肉而被感染。
    寄生虫污染食品的途径有以下几种：一是原料动物患有寄生虫病，二是食品原料遭到寄生虫卵的污染，三是粪便污染、食品生熟不分。
    化学危害
    化学危害一般可分为天然的化学危害、添加的化学危害和外来的化学危害。
    天然的化学危害来自于化学物质，这些化学物质在动物、植物自然生产过程中产生，如人们常说的毒蘑菇、某些生长在谷物上的霉菌可以生成毒素（比如黄曲霉毒素可以致癌）、河豚中含有的毒素、某些贝类因食用一些微生物和浮游植物而产生贝毒素。
    添加的化学危害是人们在食品加工、包装运输过程中加入的食品色素、防腐剂、发色剂、漂白剂等，如果超过安全水平使用就成为危害。
    外来的化学危害主要来源于以下几种途径：一是农用化学药品，如杀虫剂、除草剂、化肥等的使用。二是兽用药品，如兽医治疗用药、饲料添加用药在动物体内的残留。三是工业污染如铅、砷、汞等化学物质进入动植物及水产品体内，食品加工企业使用的润滑剂、清洁剂、灭鼠药等化学物质污染食品。
    化学危害对人体可能造成急性中毒、慢性中毒、影响人体发育、致畸、致癌甚至致死等后果。
    物理危害
    物理危害是指在食品中发现的不正常有害异物，当人们误食后可能造成身体外伤、窒息或其他健康问题。比如食品中常见的金属、玻璃、碎骨等异物对人体的伤害。物理危害主要来源于以下几种途径：植物收获过程中掺进玻璃、铁丝铁钉、石头等；水产品捕捞过程中掺杂鱼钩、铅块等；食品加工设备上脱落的金属碎片、灯具及玻璃容器破碎造成的玻璃碎片等；畜禽在饲养过程中误食铁丝，畜禽肉和鱼剔骨时遗留骨头碎片或鱼刺。