理化指标：水温、色度、浊度、嗅、pH值、悬浮物、总固体、溶解性固体、矿化度、电导率、氧化还原电位、总碱度、重碳酸盐碱度、碳酸盐碱度、总硬度。

无机阴离子：硫化物、氰化物、总氰化物、硫酸盐、硼、游离氯、总氯、氯化物、氟化物。

营养盐及有机污染综合指标：溶解氧、化学需氧量、高锰酸盐指数、生化需氧量、总有机碳、总磷、溶解性总磷、溶解性磷酸盐、总氮、凯氏氮、氨氮、硝酸盐氮、亚硝酸盐氮、有机氮。

金属及其化合物：银、铝、钾、钠、钙、镁、钡、铍、铋、钴、铜、铅、镉、锌、镍、砷、汞、硒、铬、铁、锰、六价铬、总铬。

生物监测：细菌总数、大肠菌群、粪大肠菌群、蛔虫卵、蚤类毒性试验、鱼类毒性试验、生物群落的检测等。

沼气成分：甲烷、氢气、氧气、氮气、二氧化碳、一氧化碳、硫化氢。

有机污染物：石油类、动植物油、总油、挥发酚、苯胺类、烷基苯磺酸钠、醛类、脂肪酸、有机物含量、马拉硫磷、乐果、对硫磷、甲基对硫磷、苯、甲苯、邻二甲苯、对二甲苯、间二甲苯、乙苯、氯苯、对二氯苯、邻二氯苯、苯酚、间甲酚、2，4－二氯酚、2，4，6－二氯酚、邻苯甲酸二丁酯、邻苯甲酸二辛酯、苯并芘、三氯甲烷、四氯化碳、三氯乙烯、四氯乙烯、硝基苯、对硝基氯苯、2，4-二硝基氯苯、丙烯睛、烷基汞。